Hiện nay, Học viện có 12 khoa, 2 tổ bộ môn và 11 đơn vị trực thuộc Ban giám đốc là các ban, phòng, văn phòng, tạp chí, trung tâm thông tin tư liệu - thư viện.
Tổng số cán bộ, công chức, viên chức là 230 người, trong đó, có 9 phó giáo sư, tiến sĩ; 27 tiến sĩ, 87 thạc sĩ, 62 cử nhân.
Các tổ chức, đoàn thể: Đảng bộ Học viện Chính trị - Hành chính khu vực III (có 25 chi bộ, với 163 đảng viên) thuộc Đảng bộ Học viện Chính trị - Hành chính quốc gia Hồ Chí Minh; và các tổ chức: Công đoàn (gồm các tổ công đoàn bộ phận và Ban Nữ công), Hội Cựu chiến binh, Đoàn Thanh niên (gồm 2 chi đoàn với 57 đoàn viên) thuộc Đoàn Thanh niên Học viện Chính trị - Hành chính quốc gia Hồ Chí Minh.
